A menstruação é uma descamação do endométrio (membrana que reveste a cavidade do útero, em vermelho na figura), acompanhada de saída de sangue. Isto ocorre porque os ovários reduzem muito a secreção de hormônios, e estes, por vários mecanismos, reduzem o estímulo ao endométrio, cujas células morrem e descamam. O primeiro dia do ciclo menstrual é o dia em que a menstruação se inicia.
Enquanto o endométrio descama, o hormônio FSH (folículo estimulante) começa a ser secretado em maior quantidade pela hipófise (glândula situada no cérebro), fazendo com que se desenvolvam os foliculos ovarianos (bolsas de líquido que contém os óvulos ou oócitos). Perto do 7º dia do ciclo, o FSH começa a diminuir e, com a falta desse hormônio, alguns folículos param de crescer e morrem. Por isso, em cada ciclo menstrual, de todos aqueles folículos que começam a crescer, apenas um se desenvolve e vai ovular.
Durante seu crescimento, o folículo ovariano produz quantidades de estradiol, hormônio feminino, cada vez maiores. Esse hormônio produz aumento da espessura do endométrio, preparando-o para receber o embrião. Também favorece a secreção do muco cervical ("clara de ôvo"), que às vezes flui pela vagina.
.Após a ovulação, o folículo se transforma numa estrutura chamada corpo lúteo, e passa a fabricar, além do estradiol, o hormônio progesterona, que prepara do endométrio para a implantação do embrião. Se a concentração deste hormônio no sangue for baixa, o endométrio pode ser não receptivo ao embrião e não ocorre gravidez.. Ainda não se conhece com toda a precisão o dia da implantação do embrião: parece acontecer de cinco a dez dias após a ovulação. Se não ocorre implantação, a progesterona e o estradiol param de ser fabricados pelo corpo lúteo, seu nível diminue no sangue e se inicia outra menstruação.
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